Le terme générique paganisme est employé depuis le VIe siècle par des chrétiens pour designer la religion de ceux qui ne sont ni chrétiens ni juifs. Il remonte au latin paganus : au VIe asiècle, ce mot pouvait servir à désigner les habitants des campagnes par opposition à ceux des villes ou bien les civils par opposition aux militaires. Entre le IIe et le IIIe siècle, Tertullien opposait déjà les milites christi, les « soldats du Christ », aux pagani fideles, ceux qui restaient fidèles à leur pays, à leurs traditions et à leurs racines.
Le terme a ensuite été adopté dans la littérature chrétienne. Même s’il y désigne toujours ceux qui ne sont pas chrétiens, son acception y est cependant ambiguë. Il est parfois employé de façon péjorative pour désigner ceux qui sont tenus pour être des ignorants, parfois de façon neutre pour désigner les philosophes grecs, parfois encore pour désigner des chrétiens jugés mal convertis ou tièdes dans leur foi. À partir de 370, des lois impériales regroupées au Ve siècle dans le code théodosien emploient le terme paganus pour désigner ceux qui pratiquent la magie, ceux qui sont considérés comme superstitieux ou dans l’erreur. Le terme a depuis conservé une connotation péjorative.
De nombreux pères de l’Église ayant écrit « contre les païens », le paganisme a eu une première existence sous forme de fiction littéraire, comme s’il s’agissait de la religion de ceux qui ne sont pas chrétiens. Le paganisme tel qu’il a été exposé par les Pères de l’Église n’était cependant pas à proprement parler une religion mais plusieurs entre autres choses, il s’agit plutôt de l’ensemble sans homogénéité des positions philosophiques et des croyances rejetées par les Pères de l’Église. Le paganisme est ainsi, dans l’antiquité tardive, une attitude combattue par des chrétiens puis par les autorités. C’est surtout à l’époque moderne, avec l’essor de l’histoire des religions que le paganisme commence à être perçu et étudié comme une religion parmi d’autres. Le paganisme peut aujourd’hui être revendiqué sous forme de néo-paganisme, ou bien comme une position philosophique tel que l’a fait Marc Augé dans Le génie du paganisme.
Le mot paganus n’a pas son correspondant chez les écrivains chrétiens de langue grecque qui utilisent le terme moins péjoratif de « nations » ou « religions nationales » (ethnikoï) (décalque de l’hébreu).
Il s’agit, dans presque tous les cas, du rejet de toutes les formes de comportement religieux pré-chrétien, principalement de tout polythéisme (antique), et assez vite de tout ce qui peut s’interpréter (de la part d’une orthodoxie chrétienne en devenir) comme une hérésie (ethnophrone). Les païens sont de la sorte les populations à évangéliser, convertir et/ou combattre et soumettre : prosélytisme, Grande Mission, nouveau chrétien, nouvelle évangélisation (1979), croisade.