Dans Aux origines de la franc-maçonnerie – Isaac Newton et les newtoniens, publié par Dervy en juin 2003, Alain Bauer revient sur la naissance de la maçonnerie spéculative moderne. Il reproche à nombre d’auteurs de reprendre sans contrôle les erreurs de leurs devanciers et retourne aux sources. Sa thèse : la maçonnerie spéculative ne serait pas l’héritière directe de la maçonnerie de métier, mais une construction de l’entourage d’Isaac Newton. Ce livre de 126 pages s’adresse aux lecteurs curieux des débats historiques sur les origines de l’Ordre.